Pochodzenie i data urodzin Stanisława nie są znane. Według tradycji uznaje się, że urodził się 26 lipca 1030^] w Szczepanowie jako syn Wielisława i Bogny, najprawdopodobniej z rodu Turzyna (Prus)^. Odebrał staranne wykształcenie, najpierw w gnieźnieńskiej szkole katedralnej, a w późniejszym czasie we Francji lub w Belgii w Liège. Zasłynął jako kaznodzieja i misjonarz Małopolski, pracował także w kancelarii panującego ówcześnie biskupa krakowskiego Lamberta, który wyznaczył go na swego następcę. Po śmierci Lamberta obrany został ordynariuszem diecezji, a w 1072 za zgodą księcia Bolesława Szczodrego został konsekrowany na biskupa krakowskiego.                                Okres posługi biskupiej Stanisława zaliczany jest do najświetniejszych za panowania Piastów. Biskup Stanisław sprowadził do Polski legatów rzymskich, zorganizował od nowa metropolię gnieźnieńską, podjął działania mające na celu koronację Bolesława Szczodrego w 1075 roku. Dzięki wskrzeszeniu metropolii gnieźnieńskiej, ustały pretensje metropolii magdeburskiej do zwierzchnictwa nad diecezjami polskim. Jako że zależało mu na szerzeniu wiary chrześcijańskiej w ówczesnej Polsce, biskup wspierał także powstawanie i umacnianie klasztorów benedyktyńskich, stanowiących ośrodki istotne ewangelizacyjne.                                                                                                                                       W wyniku konfliktu z Bolesławem Szczodrym biskup - według Galla Anonima - został skazany na obcięcie członków za zdradę. Gall Anonim, piszący swą Kronikę trzydzieści kilka lat po śmierci biskupa Stanisława, przedstawił fakt zatargu między Stanisławem a Bolesławem Szczodrym, który zadecydował o chwale pierwszego, a tragicznym końcu drugiego. Nie są znane dokładne przyczyny sporu, jaki powstał pomiędzy nim a królem. Najprawdopodobniej sam kronikarz dobrze je znał, lecz w swoim dziele nie rozwinął owego wątku. Przypuszcza się, że nie mógł tego zrobić ze względu na panowanie w owym czasie Bolesława III Krzywoustego, syna księcia Władysława Hermana, który był członkiem opozycji antykrólewskiej. Relacja Galla Anonima pozostaje do dziś jedynym ówczesnym źródłem pisanym. Od Galla dowiadujemy się, że biskup dopuścił się zdrady, za którą król wydał go na śmierć przez obcięcie członków. Gall negatywnie ocenił zarówno postępowanie biskupa, jak i reakcję króla.                                                  Według tradycji bezpośrednim powodem konfliktu pomiędzy biskupem a królem było to, że Stanisław bezskutecznie upominał Bolesława za niewłaściwe postępowanie wobec poddanych oraz za publiczne powodowanie zgorszenia. Wedle przekazu kroniki Mistrza Wincentego Stanisław najpierw grozi mu [Bolesławowi] zagładą królestwa, wreszcie wyciąga ku niemu miecz klątwy. Nie jest jasne, czy należy to rozumieć jako grożenie ekskomuniką czy jej rzucenie, przyjmuje się jednak raczej tę pierwszą ewentualność. Następnie nie stawił się po wezwaniu przed sąd królewski, gdyż nie pozwalało mu na to prawo kanoniczne. Został wówczas przez króla bezprawnie skazany na śmierć